Морозы в юго-восточных Кара-Кумах бывают с конца ноября до начала апреля, достигая в декабре — феврале —20°. Однако число морозных дней невелико. Все растения в середине зимы находятся в полном покое, но основная масса семян саксаула и небольшое количество плодов на отдельных кустах, например песчаной акации, еще не опадают. Число видов животных значительно больше, чем можно было бы ожидать для зимы.
Правда, зимующих птиц очень немного, и те в большинстве случаев не местные, а прикочевавшие, иногда издалека. Зато видовой состав млекопитающих сравнительно с теплым временем года почти не изменяется, так как в настоящей зимней спячке находятся лишь ежи, летучие мыши да пустынный тушканчик; все же прочие млекопитающие, в том числе мохноногий и гребнепалый тушканчики, полуденная и большая песчанки, тонкопалый суслик, бодрствуют. Выяснено, что и пресмыкающиеся не все впадают здесь в непробудную зимнюю спячку. Почти ежедневно оставляют следы и открытые норки скаптейры, довольно часто выходят на поверхность песка ящурки, реже — агамы и змеи-стрелки, и только изредка ушастая круглоголовка и эфа. Интересно, что эфа встречается днем, тогда как в теплое время года эта змея ведет ночную жизнь. В деятельном состоянии оказаваются и сравнительно многие беспозвоночные: песчаные тарантулы, мокрицы, жуки-чернотелки, некоторые мухи, муравьи, изредко можно наблюдать стрекоз и барханных тараканов, выходящих из песка в безморозные ночи. В начале декабря после выпадения дождя и последующих морозных ночей с инеем и мерзлой коркой на песке, достигающей 5 см толщины, выходы ночных насекомых временно прекращаются. Но ночная деятельность тушканчиков и песчанок нисколько не ослабевает, несмотря на дожди и снега. Зато сильные ветры и песчаные бури, которые зимой здесь часты, делают пески на это время совершенно безжизненными.