Несмотря на значительные различия в климате, фауна низменной Средней Азии в общем однородней, чем можно было бы ожидать. Объясняется это, во-первых, тем, что, хотя на юге преобладает песчаная, а на севере глинистая пустыня, большие массивы песков имеются на севере, например вблизи Балхаша, к югу от реки Чу, у северного берега Арала, а значительные участки, занятые глинистой пустыней, существуют и на юге страны. Одним словом, основные пустынные ландшафты на пространстве Средней Азии, грубо говоря, перемешаны.
Во-вторых, на всей этой области почти нет существенных преград, которые могли бы оказывать препятствия животным при расселении. Пожалуй, единственная серьезная преграда для песчаных форм — хребет Кара-Тау, отделяющий Кызыл-Кумы от причуйских Муюн-Кумов, что сказывается на фаунах, хотя и не сильно. По-видимому, в сравнительно недавнее время песчаные формы могли обходить эту преграду.
Реки же, в том числе и такие большие, как Сыр-Дарья и Аму-Дарья, не составляют никаких фаунистических границ, что и понятно: русла их чрезвычайно изменчивы, благодаря чему прилегающая к этим большим рекам часть пустыни со всем ее животным миром и растительностью, оставаясь на месте, оказывается на другом берегу реки.
В целом фауна низменной Средней Азии имеет переходный характер между сахаро-средиземноморской и монголо-центральноазиатской. Кроме того, имеется значительное ядро из чисто местных, эндемичных видов. Еще в конце прошлого столетия нередок был в обширных
тугайных зарослях по берегам Аму-Дарьи тигр, охотившийся здесь за кабанами и нередкими в то время оленями. Из сахаро-средиземноморской группы животных, широко распространенных по всей площади среднеазиатской пустыни, можно назвать пятнистую кошку, камышового кота, шакала, дрофу-красотку, рябков, некоторых песчанок. Из них только пятнистая кошка немного проникает в западную часть Центральной Азии. К этой же группе относятся: гепард, пустынная рысь — каракал, пустынная куропаточка,
варан, из змей эфа и огромная гадюка — гюрза, достигающая толщины в руку человека. Но все эти животные свойственны только южной половине среднеазиатской пустыни. К монголо-центральноазиатским видам принадлежат лисичка-корсак, кот-манул, некоторые тушканчики и песчанки, заяц-песчаник. Все они широко распространены по среднеазиатским пустыням, за пределы которых к югу почти не выходят.
Наконец, к группе видов, свойственных только среднеазиатским пустыням, относятся: тонкопалый суслик, саксаульная сойка, пегая
землеройка, несколько видов тушканчиков (в том числе пустынный и гребнепалый), «степная» черепаха, сетчатая скаптейра, сцинковый и гребнепалый гекконы, ряд круглоголовок.
Почти все они связаны с песчаной пустыней.