Важным, иногда единственным, источником водоснабжения в пустыне являются подземные воды. Благодаря им возможно пастбищное животноводство и длительное пребывание людей в пустыне. Подземные воды по своему распространению, количественным и качественным характеристикам, источникам питания весьма различны. Большая часть их минерализована, притом соленость меняется. Пресная и слабосоленая вода обычно встречается вдоль русл рек, в придельтовых их частях, вдоль магистральных каналов, на продолжении временных водотоков, особенно выходящих из гор. По мере удаления от источника питания подземные воды осолоняются.
Пресные воды залегают под барханными песками, где скапливаются атмосферные осадки, и около такыров, имеющих сток, уходящий в пески. Эксплуатационные запасы подземных вод Кызылкума и Голодной степи не превышают 150 куб. м/с. Приходная часть баланса подземных вод Каракумов составляет 222 куб. м/с. Из них русловая фильтрация из Амударьи достигает почти 2/3 (150 куб. м/с). На погруженные в грунт атмосферные осадки, поглощаемые барханными песками, приходится 30 куб. м/с, на подземный сток с Копетдага — 20, русловую фильтрацию из Мургаба — 17 и мелкие источники (русловая фильтрация из Теджена, подземный сток с Карабиля и Бадхыза и такыровый сток) — 5 куб. м/с (Кунин, 1955).
Основным источником питания подземных вод Каракумов остается естественный отток воды из Амударьи. Значительным источником могли бы быть атмосферные осадки, которых даже при 100 мм в год выпадает на площади Каракумов (350 тыс. кв. км) не менее 35 куб. км воды и Кызылкума (300 тыс. кв. км) — 30 куб. км воды. В отдельных районах с осадками 150 и 200 мм в 1,5— 2 раза больше. Тем не менее значение атмосферных вод как источника водных ресурсов нельзя преувеличивать, так как поглощение атмосферной влаги происходит более всего на барханных песках, площадь которых невелика. Осадки, выпавшие над закрепленными песками, частично остаются в грунте, а частично поглощаются и испаряются растениями. Сток с такыров в пески происходит там, где такыры имеют удобный для этого естественный уклон или если сток собирают в специально вырытые животноводами дождевые ямы или колодцы. Объем стока с такыров не одинаков по годам и территориально. Он изменяется даже в одном и том же месте. Так, например, в Зеагли (Центральные Каракумы) за период 15 лет годовой сток составил от 0,9 до 11,4 тыс. куб. м, в районе Ербента — от 1,7 до 24,5 тыс. куб. м. При этом крайние показатели повторялись неоднократно. В средний по водности год временный поверхностный сток с такыров и такыровидных почв в Средней Азии и Казахстане составляет 704 млн. куб. м (Лещинский, 1960). Наряду со сбором воды с такыров важное значение приобретают опыты создания искусственных водосборных площадок. При всем большом значении такыров для снабжения пастбищ пресной водой их роль ограничена из-за неравномерного распространения по территории пустынь. В отдельных районах, например в Заунгузских Каракумах, они редки, и потому их участие в водосборах невелико. В связи с этим большого внимания заслуживают опыты по созданию водосборных площадок, покрываемых водонепроницаемым материалом. Известны опыты по разбрызгиванию битумной эмульсии, применению нейрозина и других вяжущих материалов. Они должны удовлетворять ряду требований: быть водонепроницаемыми, жаропрочными, экономичными. Искусственные «такыры» имеют то важное преимущество перед естественными, что с них собирают больше воды, так как они не впитывают влагу, не размокают. С такыра в 1 кв. км можно собрать от 5 до 31 тыс. куб. м воды в год.