Ветры в пустыне — явление постоянное. Их режим обусловлен синоптическими условиями. Средняя скорость ветров на западе 5 м/с, на юго-востоке 2,5 и на востоке 3 м/с. Несильные ветры (2—3 м/с) бывают ежедневно, особенно в первую половину дня. При 4 м/с и более образуется ветропесчаный поток, незакрепляемые пески приходят в движение, идет формирование или перестройка рельефа песков. При сильных ветрах (15 м/с) выпас овец прекращается. В Центральных Каракумах сильный ветер бывает в среднем 10 дней в году, в Кызылкуме — 11, на побережье Каспия — 30—36, в Юго-Восточных Каракумах — до 50 дней. Шквалистые ветры силой 24—26 м/с в пустынях Средней Азии редки. Они чаще наблюдаются на Устюрте (до 50 дней в году) и вообще на западе Средней Азии. Ранней весной и в июне скорость ветра повышенная — до 3 м/с, в апреле-мае — пониженная (1—2 м/ с).
В отдельных районах пустынь Средней Азии наблюдаются постоянно сильные ветры: на берегах Каспийского и Аральского морей между Малым и Большим Балханом, близ Джизака, в восточной части Голодной степи (урсатьевский ветер). В этих районах местные ветры достигают порой ураганной силы, главная их особенность — постоянство. Учитывая воздействие ветров на песчаный субстрат пустыни, следует отметить отрицательную роль местных ветров в хозяйственной жизни. Они приводят в движение пески, препятствуют укоренению растительности, сушат почву, приносят много пыли. В районах господства сильных ветров характерны бескормица и падеж скота зимой, если корм не заготовлен.
К числу редких атмосферных явлений и потому неопасных для хозяйства относится град, туман, гроза. В северных районах за 10 лет отмечаются 2—5 дней с градом, в южных — 1—3 дня, чаще весной. Туманы наблюдаются с ноября по март. В Кызылкуме и Каракумах они бывают 10—20 дней в году, обычны у водоемов, в дельте Амударьи, на юго-западе Средней Азии. Грозы гремят до 10 раз в году. На Устюрте и в Северном Кызылкуме грозы обычны в июне, в Заунгузских, Центральных Каракумах и Южном Кызылкуме — в мае, в Юго-Восточных Каракумах — в апреле.